Seit 2010 vermahlt die Stiftsbäckerei ihr Roggenmehl selbst und nutzt dazu den Strom aus der eigenen Wasserkraft. Dazu hat Franz Grabmer eine Kombination aus 3 Mühlsteinen mit Siebmaschinen entworfen. Das verhindert im Gegensatz zur Vermahlung in einem Durchgang die Erwärmung des Mahlguts, wodurch wertvolle Inhaltsstoffe erhalten bleiben. Die Förderung der Mahlprodukte erfolgt in hygienischer Weise pneumatisch. Ein Teil der Mühle, der größte Mühlstein, ist im Vorraum der Bäckerei zu sehen.

Der Roggen wird von einem Biobauern in Waldviertel (Niederösterreich) bezogen. Gleichbleibende Qualität ist durch die Einlagerung eines Jahresbedarfs in der Stifts- und Salzachmühle gegeben. Vor Auslieferung an die Stiftsbäckerei werden eventuell vorhandene Unkrautsämerein mit einem hochmodernen Gerät (Sortex) optisch aussortiert.