Das Hauptprodukt der Stiftsbäckerei ist Schwarzbrot aus Natursauerteig. Dieser wird schon am Vortag angesetzt und entwickelt das typische Aroma, das man beim Betreten der Bäckerei sofort wahrnimmt. Dazu kommt am nächsten Morgen nur Roggenmehl, Wasser und Salz – sonst nichts. Das verwendete Roggenmehl wurde mit unseren Mühlsteinen in mehreren Passagen schonend fein gemahlen, es wird kein Teil des Korns entfernt. Es entspricht damit als Vollkornmehl den Anforderungen gesunder Ernährung. Seit 2015 ist das Roggenkorn der Stiftsbäckerei auch aus kontrolliert biologischer Landwirtschaft.
Das Brot wird in einem direkt befeuerten Ofen gebacken. Das bedeutet, dass im Backraum vorher Holz abgebrannt wird, die Glut und Asche entfernt werden, und zuletzt das Brot dort "eingeschossen" wird, wo zuerst geheizt wurde.
Es werden Laibe (rund) in den Größen 1/2, 1 und 2 kg hergestellt, Wecken (länglich) in der Größe 1 kg. (Preis: einheitlich 3,70 Euro pro kg). Große Brote werden auch in Teilen verkauft. Sonderwünsche (z. B. 2-kg-Wecken) sind auf Bestellung möglich.

Das St.-Peterer-Brot lässt sich viele Tage genießen. Außerdem schützt Sauerteig auf natürliche Weise vor frühzeitiger Schimmelbildung. Es ist deswegen bei Weltreisenden beliebt. Brot vom Vortag, das mitunter übrig bleibt, ist für den sofortigen Genuss sogar besser geeignet als ofenfrisches.

Aus dem selben Teig werden "Gewürzweckerl" hergestellt. Weiters sind noch Vintschgerl, Brioche und Milchbrotstriezel (in zwei Versionen: rein Weizen oder rein Dinkel) im Sortiment, in der Weihnachtszeit auch Früchtebrot.